A fost pus sub urmărire penală de către procurorii DNA Iaşi, în scandalul fraudării unei licitaţii cu fonduri europene la universitatea ieşeană. Într-o conferinţă de presă susţinută cu o săptămână în urmă, Astărăstoae a precizat că este cercetat de DNA pentru aderare la grup infracţional, abuz în serviciu, tentativă la fals în rambursarea la universitatea ieşeană a unor fonduri şi conflict de interese. Astărăstoae a acuzat atunci că procurorii DNA dau presei "informaţii trunchiate" din dosar, informaţii care au fost de natură să îi aducă prejudicii de imagine.